目前数码印刷厂家根据自身的情况在印后加工阶段主要采用三种方案。
(1)添加联机印后加工设备；
(2)在印刷设备附近添加独立的印后加工设备；
(3)安排好自己的印后加工供应商。
其中采用第三种方案会带来一些问题，因为外发装订以及货物的送出和返回都会耽搁很多时间，数码印刷公司可能因此面对一些来自现有客户的竞争。一项资料表明，许多印刷作业之所以外发到印刷厂印刷都是因为有印后加工的需要。
有些客户为了减少短版印刷和印后的开支，可能会添置一些办公用的数字复印机和印后加工设备。这样，许多印刷作业就可以在办公室内部完成，不用再送到印刷厂去加工，如果办公用的数码印后设备规模和性能继续发展，这种情况将会越来越多。所以，数码印刷商们要想获得那些印刷业务，就必须提供低价、高质、快速的服务，这样才会使客户觉得添置办公用的印后设备不划算。
数码印刷的印后加工是采用联机还是脱机方式一直是一个热点问题，目前还不能给出一个适合于所有印刷企业的答案。事实上，目前大多数的数码印刷工作的印后加工都是用脱机设备完成，虽然这意味着将产生很多浪费，因为在操作处理上需要更多的时间来完成一项工作，还需要来回运输的时间。但是，对于有些印后加工的工作，还是脱机处理更适合一些。
一般来说，在胶印的印后加工中采用脱机装订设备。但是，随着短版的数码印刷工作数量的增加，脱机装订设备就必须身兼二职，同时服务于传统胶印和数码印刷，这样就不可避免的带来工作安排上的冲突和混乱。
现在，联机印后加工设备已经开始流行，因为印刷商认为联机设备可以自动传递印刷品来完成印后加工，并且还可防止对印品的损害，它不需要印品在印刷单元和印后单元之间的来回搬运，只需一个操作员就可完成整个印刷过程。这样可以提供高质量的流程管理，如果发现错误，操作员可在印刷或印后加工的过程中直接停下生产线加以修正。
但是联机形式的数码印后加工设备也存在一些问题，首先，静电会带来一些物理问题。其次，墨层、材料也容易受到磨损、擦伤和折裂。再有就是印刷速度和印后加工速度不匹配问题。
早期的联机印后加工设备还有数据界面不匹配而不易同印刷设备相连接的问题，新的联机印后加工设备基本上解决了数据界面的匹配问题，也能加工较轻的纸张，生产能力也得到进一步改善。