对单色数码印刷，不存在输墨单元的排列问题，因为单色数码印刷系统只需要一个输墨单元。而在彩色数码印刷机中，输墨单元的排列方式可分为顺序排列和卫星式排列两种主要形式，这与传动印刷机的设计原则类似。其中输墨单元的顺序排列是采用了直线走纸的形式，而卫星式排列的走纸沿滚筒周向进行。
1.单路系统的输墨单元排列方式
对采用单路系统的彩色数码印刷机，每个印刷单元中均包含一个输墨单元，因而输墨单元的排列方式实际上就是印刷单元的排列方式。
(1)顺序排列
印刷单元采用顺序排列的方式，与普通多色单张纸胶印机色组排列方式类似。顺序排列的主要特点是占用空间较大，毎种主色的转印均需要一个压印滚筒才能实现，但可以采用圆压圆的结构形式印刷单元顺序排列的优点是操作方便，概念上比较直观，且相对而言设计和制造工艺也较为简单。
(2)卫星式排列
印刷单元采用卫星式排列或许有下面两个主要理由：一是节省印刷机空间，二是只需使用一个压印滚筒。单路数码印刷系统的印刷单元呈卫星式排列时，印刷单元沿压印滚筒周向分布。
2.多路系统的输墨单元排列方式
采用多路系统的彩色数码印刷机只有一个成单元，但输墨单元至少应该有四个，否则无法实现彩色印刷。
(1)顺序排列
多路系统的彩色数码印刷机的输墨单元采用顺序排列结构的例子不多这是因为纸张以直线走纸方式通过压印滚筒和中间滚筒或成像表面组成的间隙时，纸张必须完成多次的往复运动，在机构设计和制造上相对而言较为复杂。
(2)卫星式排列
多次通过彩色数码印刷系统输墨装置采用卫星式排列的例子较多，原因是输墨装置沿成像鼓周向排列时只需成像鼓的旋转运动即能实现纸张的多次通过，结构简单，精度也容易控制，但要求在成像鼓上配置抓纸机构，使纸张保持在某一位置上不动。